3. Miasto Biskupie
Z utworzeniem biskupstwa Włocławskiego, stolica jego Włocławek, starodawny gród książęcy z targowiskiemprzechodzi na własność Kościoła, biskupa i kapituły katedralnej, ale nie odrazu, lecz stopniowo.
Najpierw z chwilą założenia stolicy biskupiej i Katedry we Włocławku, z pobożnych fundacyj i nadań książęcych na rzecz Kościoła tworzy się tutaj własność kościelna, nad którą jednak książe rozciąga jeszcze jakiś czas pewne prawa zwierzchnicze, pobiera z niej opłaty, nakłada powinności i ciężary na duchowieństwo i poddanych mieszkańców dóbr kościelnych, wykonywuje nad nimi sądownictwo itp.
W miarę jednak powiększenia się własności kościelnej i wzrostu powagi i wpływów w państwie biskupów, rozpoczyna się w Polsce walka o uniezależnienie Kościoła od władzy państwowej: walka ta rozpoczęła się już wcześniej na zachodzie, bo z końcem XI wieku a w Polsce później, bo dopiero z końcem XII wieku.
Również i we Włocławku na tem tle rozpoczyna się w tym czasie walka między księciem a biskupem i walka ta kończy się w połowie XIII wieku zwycięstwem Kościoła: biskupa i kapituły katedralnej. Najpierw terytorjum około Katedry, dawny gród książęcy, zw. miastem katedralnem Włocławkiem od niepamiętnych czasów nadany biskupowi i kapitule a później nieco i reszta własności książęcej, podgrodzie z targowiskiem, zw. miastem niemieckim, przechodzą na zupełną własność Kościoła włocławskiego.
Już w 1185 roku Leszek Biały nadaje kapitule katedralnej włocławskiej z terytorjum Włocławka pewne czynsze w pieniądzach i daniny w naturze, mianowicie 10 grzywien srebrnych i 10 wiader miodu rocznie.
A nieco później dnia 6 X 1250 roku Kazimierz, książe kujaski i łęczycki kończąc spór i dłuższą walkę z biskupem włocławskim Michałem Godziembą, zawiera z nim układ, potwierdzony przywilejem książęcym na rzecz biskupa i kapituły katedralnej włocławskiej, wydanym w obecności świadków: ardybiskupa gnieźń. Pełki i biskupa wrocławskiego Tomasza.
Mocą tego przywileju książę zrzeka się na rzecz biskupa i kapituły części swoich uprawień dotychczasowych, wykonywanych przez niego nad terytorjum miasta katedralnego Włocławka, którego mieszkańców zwalnija odtąd od wszelkich ciężarów prawa książęcego jak powóz, prewod, wojskowe, podimne, podwozowe, stróża itp. budowania grodów książęcych wyprawiania się na wojnę z wyjątkiem wypadku obrony swojej ziemi Kujawskiej w raziewtargnięcia w jej granice jakiego wojska nieprzyjacielskiego. Nadto książe zastrzega sobie prawo korzystania z usług ludności miejscowej przy polowaniu na bobry w granicach terytorjum kościelnego prawo sądzenia tejże ludności. Kanonikom zaś kościoła katedry włocławskiej nadaje ksiąze mniejszym przywilejem cło od przewożonych towarów rzeką Zgłowiączką do Wisły przez całą przestrzeń, którędy rzeka Zgłowiączka biegnie, oraz targowe z Włocławka wraz z cłem od łodzi przechodzących Wisłą przez Włocławek.
Następnie po nowej walce o immunited Kościoła włocławskiego jako jaka następnie toczy się jeszcze między księciem i biskupem książe Kazimierz w roku 1255 godzi się na zawarcie z biskupem włocławskim Wolimierem układów w obecności arcybiskupa gnieżnińskiego Pełki. Mocą tych układów, potwierdzonych przywilejem książęcym, ksiąze do własności kościelnej "miasta katedralnego Włocławka" dodaje na własność biskupom włocławskim przylegającą doń osadę "miasto niemiecki" wraz z młynem na rzece Zgłowiączce tuż przy temże mieście wystawionym, zrzeka się również książe na rzecz biskupa bobrów na rzece Wiśle i Zgłowiączce w granicach wszystkich posiadłości kościelnych tj. "miasta katedralnego Włocławka" i miasta "niemieckiego" oraz zezwala biskupowi na lokowanie własną powagę całego tego terytorjum na prawie niemieckim.
Gdy jednak ksiąze nadał rości sobie prawa i władzę zwoerzchnią nad miastem Włocławkiem usiłuje wykonywać, rozpoczyna się znowu dłuższa walka księcia z biskupem, po której ksiąze Kazimierz pokonany, dnia 13 kwietnia 1266 roku wyrokiem opaty klasztoru N.M.P. we Wrocławiu, sędziego delegowanego do tej sprawy przez legata papieskiego w Polsce kardynała Gwidona, podpisuje z biskupem Wolimierem układy, potwierdzone specjalnym nadaniem — przywilejem książęcym, którym książe przyznaje biskupowi prawo zupełnej własności nad Włocławkiem, dodając jeszcze jeden młyn znajdujący się w pobliżu młyna tzw. włocławskiego, poprzednio kiż w 1255 roku nadanego biskupowi, a nadto przyznając biskupowi całkowite prawo do obwarowania miasta rowami i wałami z kamienia, cegły lub drzewa, zobowiązuje się naprawić swoim kosztem uszkodzone przez siebie w ostatniej walce z biskupem mury miasta Włocławka i to pod groźbą kary 100 grzywien srebrnych, które ma włacić biskupowi na święto Trzech Króli, w razie nie wypełnienia tego warunku. Za wszystkie zaś inne szkody i straty wyrządzone Kościołowi, książe godzi się złożyć biskupowi 200 grzywien srebrnych w trzech ratach: po 50 grzywien za Ziel. Św. i Św. Jakób oraz 100 grzywien na Boże Narodzenie. Wzamian za to biskup odstępuje księciu niektóre wsi: Sokołowo, Markowo, Guźlin.
Przywileje książęce dotyczące nadania Włocławka na własność biskupów włocławskich, potwierdzone zostały przez synod prowincjonalny w Sieradzu 1255 rok przez papieża Aleksandra IV w 1259 roku i przez legata papieskiego biskupa Firmana w 1281 roku.
Tak więc Włocławek już w połowie XIII wieku przestaje być grodem książęcym i ośrodkiem kasztelanji, a staje się w ścisłem słowa znaczeniu Miastem Biskupiem, nie tylko dlatego, że jest siedzibą biskupa ale że biskup jest jego panem i zwierzchnikiem we wszystkich sprawach, tak duchownych, jak i świeckich z władzą najwyższą wykonawczą, ustawodawczą i sądowniczą.
Po rozdrobnieniu Kujaw ze śmiercią księcia kujawskiego i łęczyckiego Kazimierza Kondradowica pod koniec XIII wieku Włocławek pozostaje w granicach brzeskiej dzielnicy Łokietka i Kazimierza Wielkiego.
Już Władysław Łokietek, jako książe brzeski, siedzibę swoją stałą ma w Brześciu Kujawskim, a nie we Włocławku, jakkolwiek, ten ostatni znajdował się w obrębie jego dzielnicy.
Próbował wprawdzie Łokietek odzyskać otracony wpływ na stary niegdyś książęcy gród włocławski i przynajmniej uczynić z niego ponownie ośrodek kasztelanji, ale tego do skutku trwałego nie zdołał doprowadzić.
I tak w latach 1292/1293 w otoczeniu księcia Łokietka znajduje się Przecław, kasztelan włocławski, ale wkrótce potem jeszcze przed rokiem 1295 Przecław wraca na kasztelanję brzeską, którą był zarządzał poprzednio, przed osadzeniem go we Włocławku.
Widocznie próba ta osadzenia kasztelanem grodu włocławskiego przez Łokietka była wywołana chwilową może tylko potrzebą, czy też co jest prawdopodobniejsze, było to tylko pragnienie albo życzenie księcia, od którego jednak książemusiał odstąpić wskutek jakiego stanowczego sprzeciwu czy niezadowolenia biskupa miejscowego.
Tak więc Włocławek jest niepodzielną własnością biskupów włocławskich od roku 1255 poprzez całe dzieje Rzeczypospolitej, aż do drugiego rozbioru Polski w 1793 roku kiedy to dopiero dekretem króla pruskiego przeszedł na własność rządu.