Z dniem 14 września 1939 roku rozpoczęła się trwająca 1955 dni (do 20 styczna 1947 roku), niemiecka okupacja Włocławka. Władze Trzeciej Rzeszy już przed wrześniem 1939 roku podjęły prace w zakresie przyszłych rozwiązań politycznych, narodowościowych i gospodarczych na planowanych do zajęcia ziemiach polskich. Hitler 25 marca 1939 roku oświadczył, że nowa granica Niemiec na wschodzie przebiegać będzie "od wschodniego skraju Prus Wschodnich do wschodniego krańca "Śląska" , natomiast na konferencji z dowódcami wojskowymi bardziej precyzyjnie przedstawił swoje zamiary: "Osiemdziesięciomilionowa masa narodu niemieckiego rozwiązała swoje problemy ideowe.

     Na okupowanym terytorium państwa polskiego do 25 października 1939 roku włącznie najwyższą władzę sprawował Wermacht. We wrześniu 1939 roku utworzono na tym obszarze cztery okręgi wojskowe. Każdemu wojskowemu dowódcy okręgu podlegał szef zarządu cywilnego. Włocławek znajdował się na terytorium podporządkowanym 8 armii, a więc okręgowi wojskowemu "Łódź" (Militarbezirk — Lodz), z siedzibą w Łodzi. W ramach tegoż okręgu wojskowemu utworzono kilka tzw. obszarów tytułowych armii. Powiaty aleksandrowski, gostyniński, inowrocławski, lipnowski, płocki, płoński, sierpcki, sochaczewski i włocławski tworzyły tzw. obszar tytułowy armii nr 581 , a jego dowódcą (Kommandant des ruckwartigen Armeegebiets) był gen. por. Alfred Bohm-Tettelbach. Jemu z kolei podlegały terenowe organy zarządu wojskowego w postaci komendantur polowych i garnizonowych. We Włocławku komendantem wojskowym miasta był gen. Muller.

     Dowódcom poszczególnych armii podlegali szefowie zarządów cywilnych, a ich kompetencje obejmowały sprawy administracji cywilnej. Na wyżej wymienionym obszarze dziesięciu powiatów szefem zarządu cywilnego był były prezydent policji w Dreźnie  — SS-Oberfuhrer Fritz Herrmann. Początkowo sztab Herrmanna był przydzielony do 4 armii okupacyjnej część Pomorza Gdańskiego, ale został stamtąd "wyparty" już w pierwszej dekadzie września przez Alberta Forstera, który objął funkcję szefa zarządu cywilnego tak przy 3., jak przy 4 armii. Ostatecznie 16 września sztab Herrmanna został podporządkowany dowódcy8. armii, a na siedzibę sztabu wyznaczono Włocławek. Roskazem z 20 września sztab Herrmana (jakoChef der Zivilverwaltung-Nord), został przydzielony dowódcy wyżej wymienionego obszaru tyłowego armii nr 581. Jednak już 5 października sztab Herrmanna został połączony ze sztabem szefa zarządu cywilnego przy 8. armii z siedzibą w Łodzi, którego szefem był dr Harry von Craushaar. Sam Herrmann już 24 września opuścił Włocławek, a sztab częściowo rozlokowano i w Bydgoszczy. Od 4 października sztab Herrmannna (kierowany wówwczas już przez dra Wilhelma Pickela) został skierowany do Łodzi.

     Dnia 8 październiaka 1939 roku Hitler wydał dekret inkorporacyjny, który między innymi utworzył jednostkę administracyjną Okręg Rzeszy Poznań, przemianowany 29 stycznia 1940 roku na Okręg Rzeszy Kraj Warty. Na czele okręgu stał namiestnik (Reichsstatthalter) i był nim przez cały okres okupacji Arthur Greiser. Sprawował on także funkcję kierownika okręgowego partii hitlerowskiej (NSDAP) i tym samym łączył w jednym ręku kierowniczą funkcję administracyjną z polityczną. Okręg powyższy obejmował obszar o powierzchni 43 942 km² , a zamieszkiwało go 4 993 900 osób, w tym 4 220 200 Polaków, 384 500 Żydów, 324 900 Niemców i 4600 osób innych narodowości. Okrąg dzielił się z kolei ma trzy rejencje — inowrocławską, kaliską (następnie łódźką) i poznańską. Niższymi jednostkami administracyjnymi były: powiaty oraz gminy.

     Rejencja inowrocławska zajmowała obszar 14 461 km² i według spisu niemieckiego z grudnia 1939 roku była zamieszkana przez 1 156 087 osób, w tym 987 261 Polaków, 126 884 Niemców, 39 713 Żydów, 1260 Ukraińców, 23 Czechów i 946 osób innych narodowości. W skłąd tej rejencji wchodziło 12 powiatów wiejskich i 3 miejskie — Inowrocław , Gniezno i Włocławek. Siedzibą władz rejencji był Inowrocław.Włocławek był największym miastem tej rejencji i zarazem trzecimm miastem w Kraju Warty (po  Łodzi i Poznaniu), ale jego peryferyjne położenie i przynależność w przeszłości do zaboru rosyjskiego pozbawiły to miasto możliwości i przyjęcia funkcji "stolicy" rejencji.

     Powierzchnia miasta Włocławka wynosiła w 1939 roku 4152,4 ha (42 km²). W marcu 1943 roku okupacyjne władze miejskie dokupiły 227 ha lasu. Decyzją z dnia 12 października 1943 roku minister spraw wewnętrznych Rzeszy powiększył więc obszar Włocławka o tereny gmin Łęgu, Śmiłowic i Wieńca. Decyzja powyższa weszła w życie z dniem 1 listopada 1943 roku.

     Znaczącej zmianie w latach okupacji niemieckiej uległ stan ludności oraz struktura narodowościowa Włocławka. Według danych polskich, w styczniu 1939 roku miasto liczyło 66 739 mieszkańców, a 1 września 1939 roku 68 061 mieszkańców, natomiast według danych niemieckich  — 1 stycznia 1939 roku Włocławek zamieszkiwało 67 201 osób, a 1 września 67 510. Dnia 20 grudnia 1944 roku, a więc miesiąc przed zakończeniem okupacji niemieckiej, liczba mieszkańców Włocławka wynosiła 50 839 osób.

     Włocławek był także miastem garnizonowym i przez cały okres stacjonowały tu jednostki Wermachtu. Liczebność ich była zróżnicowana, ale w granicach kilku tysięcy żołnierzy — np. jesienią 1940 roku stacjonowało w mieście 6 tysięcy żołnierzy. We Włocławku powołano również wojskowy urząd meldunkowy (Wehrmeldeamt), w którego kompetencji był pobór niemieckich męższczyzn do wojska. Swoją działalnością obejmował on Włocłąwek oraz powiaty gostyniński, kutnowski i włocławski.

     Drastyczny spadek liczby ludności polskiej Włocławka (ponad 16 tys. osób)i całkowite usunięcie ludności żydowskiej (ponad 12 tys. osób) były wynikiem planowanej konsekwentnie realizowanej polityki germanizacji miasta, przede wszystkim przez eksterminację i wysiedlanie oraz osadnictwo ludności niemieckiej (ponad 11 tys. osób). W odniesieniu do ludności żydowskiej należy ponadto uwzględnić przesłanki rasowe, będące podstawą tak ideologii, jak i polityki władz nazistowskich.